Para além dos valores consagrados constitucionalmente, o Externato Menino Jesus define-se pelos seguintes princípios e valores pedagógicos que suportam a sua ação educativa:
- Educar para o exercício pleno de uma cidadania responsável;
- Fomentar a igualdade de oportunidades de sucesso escolar;
- Desenvolver a formação humanista, científica, técnica e artística dos alunos;
- Co-responsabilizar as famílias, na promoção do sucesso educativo dos alunos;
- Promover ambientes de aprendizagem que vejam o aluno como um ser singular, com características físicas, emocionais e psicológicas próprias;
- Desenvolver o espírito de solidariedade, de tolerância, de responsabilidade, de respeito pelo outro e de rigor no trabalho;
- Valorizar o empenho, o esforço e o trabalho como elementos centrais da realização na escola e na vida;
- Promover o prazer e a satisfação que resultam das aprendizagens e dos conhecimentos;
- Promover os valores essenciais da dignidade humana:
- Desenvolver uma visão realista (e razoável) da vida, levando os educadores e os educandos a agir, partindo das condições concretas sem esperar condições ideais;
- Recurso constante à razão e ao diálogo;
- Incentivar, através da prática desportiva e atividade física, hábitos de uma vida saudável;
- Criar uma consciência ecológica para o desenvolvimento de estilos de vida saudáveis;
- Educar para valores universais: liberdade, equidade, fraternidade e solidariedade;